南磺溪為七星水利會管轄主要灌溉水源之一，上游支流分別接收多處溫泉區放流水，對磺溪中下游水生生態系造成一定程度的影響。傳統汙染處理溫泉廢水的成本較高，因此本研究評估利用厭氧微生物進行酸性溫泉廢水整治的可行性。研究採用磺溪主河段位於中山樓溫泉區其後之河段進行水樣採即，並帶回實驗室透過20L的生物反應槽進行厭氧生物降解實驗。並於其中添加農業廢棄物或畜牧廢棄物做微生物反應所需之碳源，以期望能同時幫助達到廢水整治與廢棄物處理之效果。

研究結果顯示，利用微生物降解硫酸溫泉在中尺度的實驗下，仍具有相當的潛力與可行性，且有機會在低成本的條件下改善溫泉廢水對於磺溪生態破壞的問題，同時去化畜牧相關的廢棄物。尤其在pH提升的部分可發現，在添加廢豬血粉做為碳源，對硫酸還原菌有一定的刺激作用，其綜效的物理吸附與生化反應，使微生物一階反應速率常數達到0.82 d-1，即24小時可移除水體56%氫離子，3天可移除原溫泉廢水91%的氫離子。然而添加農業廢棄物如稻殼做為碳源，刺激硫酸還原菌，其降解溫泉廢水的效果有限。
若溫泉水體中含有較高濃度之硝酸鹽時，因為其會對硫酸還原反應造成抑制，故在硫酸鹽濃度的降解上會有抑制作用。而當硝酸鹽濃度較低的條件下，硫酸還原反應得以進行。然而生物反應之水力停留時間約需要三天，若需要更快速的處理方式，未來應考慮化學方法，或是更進一步的優勢微生物篩選，才較有機會達成目標。