南磺溪為七星水利會管轄主要灌溉水源之一，然而上游支流分別流經行義路溫泉區及中山樓溫泉區。過去溫泉區所產生之放流水使得磺溪水體酸鹼值約在3-5之間，同時對磺溪中下游水生生態系造成一定程度的影響。然而目前磺溪現有之生態環境的現況仍然相當缺乏。溫泉廢水對於水棲生物於不同季節生長狀況之敏感度亦因此尚未能有充分的了解。為確保磺溪生態永續的目標，詳細的生態物種調查與分析是重要的科學依據。此外，自然界中常見的硫酸還原菌，能將環境中的硫酸鹽，還原成二價硫之化合物。過去已有許多國外文獻顯示，利用硫酸還原菌作為淨化廢棄煤礦廠所產生之酸性滲流水，提升周圍水土環境之整體pH值。
本計畫旨在進行磺溪生態調查，了解四季變化下，磺溪生態的物種組成。此外另評析利用微生物進行磺溪酸性水體復育之可行性，以恢復原有河川生命力。主要成果包含：(1)透過將近一年的現地調查，評估不同區域生物組成、多樣性與豐富度，以及其季節差異，如圖一；(2)利用多樣生態指標評估南磺溪各河段受到硫酸鹽廢水影響的程度，如圖二；(3)利用微生物進行酸性廢水整治的可行性，如圖三；(4)評析微生物降解硫酸鹽之可行性與反應速率，如圖四，做為未來大規模復育之參考，以確保磺溪生態永續。