本計畫旨在進行磺溪水環境調查，並結合生態保育、水質改善及周邊地景，研擬水環境改善計畫，以恢復河川生命力與生態健康度。本計畫以磺溪為研究區域，本計畫研究目的包括：（一）建立磺溪水環境基礎調查，包括：供水潛力、水質現況等；（二）調查磺溪食物鏈基礎之生物族群結構與溫泉酸排廢水造成之影響。重要工作項目包括：評估磺溪水體環境涵容能力；調查磺溪水質劣化後，上/中/下游之生態現況；評估溪流酸化對河段生物食物鏈破壞之具體連結；研擬磺溪水環境改善計畫。